1997-ben csak a világ lakosságának 1% élte túl a nagy vírusjárványt. 38 évvel később újjabb járvány fenyegeti a túlélőket, élettbenmaradásuk attól függ, hogy James Cole-nak (Bruce Willis) sikerül-e információkhoz jutnia a a vírus természetéről. Ehhez azonban vissza kell utaznia a múltba, küldetése pedig már az elején nem várt akadályokba ütközik: nem 1996-ba, hanem 1990-be érkezik. Ahelyett, hogy szabadon kereshetné a vírus mintáit, elmegyógyintézetbe zárják. Egyetlen ember hisz neki, az intézetben dolgozó pszichológus, Kathryn Railly (Madeleine Stowe), akinek segítségével talán sikerül a járvány kirobbantásáért felelős 12 Majom Hadseregének nyomára bukkannia.