1865. Richmond, Virginia. A polgárháború dúlta város börtönében négy hadifogoly vakmerő dologra készül. Smith mérnök, Nebbel százados, két nővel, valamint Pencroff ezredessel együtt léggömbön megszökik a táborból. Az út során azonban tomboló viharba keverednek, és a csapat egy lakatlan szigetre vetődik, valahol a Csendes-óceánon. Nem is sejtik, hogy a helyet vérszomjas szörnyek és kalózok népesítik be és a szigeten lakik Némó kapitány (Herbert Lom), az őrült zseni.
Smith vezetésével a hajótöröttek, akiket Némó kapitány kiutasított otthonából, leleményességükkel és bátorságukkal otthont teremtenek a vad szörnyetegektől nyüzsgő szigeten. A Bob Harvey vezetésével partra szálló és a legendás aranykincsre áhítozó kalózok azonban mindannyiukra halálos veszedelmet jelentenek. Némó kapitány a segítségükre siet, de a természet hatalmas erőivel már ő sem képes szembeszállni.