A történetben felbukkan Eon, Ben ellensége egy másik galaxisról, hogy megszerezze az Omnitrixet és elpusztítsa a Földet. Eon volt az első földönkívüli lény, akit Max nagypapa titkos szervezete elfogott, de most kiszabadult, hogy bosszút álljon. Ben, Gwen és Max nagypapa küldetése, hogy az Omnitrix segítségével megfékezzék Eont és megmentsék a Földet a teljes pusztulástól.