Ki gondolta volna, hogy egyszer jön valaki, aki mellett Jean-Jacques Cousteau is elbújhat? Steve Zissou például nem az a valaki. A hóbortos tengerkutató egészen más elveket követ, másképp válogatja legénységét és más irányba hajózik mint francia kollégája. Steve és társai éppen tizenkettedik dokumentumfilmjük premierjét ünneplik. A meglehetősen vegyes nemzetközi társaságot a kiszámíthatatlan legénység, egy izgága filmes forgatócsoport, egy mogorva feleség és hét lelkes egyetemista gyakornok alkotja. Hogy teljes legyen a zűrzavar, a semmiből egy Ned Plimpton nevű fiatalember is előbukkan, akiről Zissou sem tudja eldönteni, a saját fia vagy sem. Így vágnak neki a haboknak, hogy bosszút álljanak egy titokzatos jaguárcápán, aki felfalta Zissou kedvenc munkatársát.