Az Enterprise hazafelé tart a Khannal való összecsapás után. Kirk admirális azonban úgy érzi, a Khan feletti diadal, és a Genezis bolygó megteremtése csak üres győzelmek. Spock halott, és McCoy megmagyarázhatatlan módon megőrült. Kirk döbbenetes felfedezést tesz: Spock élő esszenciája McCoyban rejtőzik. Spock apja azt szeretné, ha a fiát otthon, a Vulkán bolygón temetnék el. Kirk és csapata ellopja a leszerelésre váró Enterprise űrhajót, és a Vulkán bolygó felé indulnak. Az űrben szembetalálják magukat a klingonok vezérével, aki a Genesis titkára kíváncsi.