New York földalatti csatornarendszerében misztikus dolgok történnek. Az ismeretlen varázserőnek köszönhetően óriásteknősökké változott négy kicsi páncélos beszél, két lábon jár és imádja a pizzát. Tanítómesterük, a tiszteletreméltóan bölcs patkány igazi nindzsa harcosokká képezi őket. A négy jóbarát egy napon rájön, hogy miben áll a varázslat, ami hatalmassá tette őket. De nincsenek egyedül! Shredder, a legnagyobb ellenségük is tudomást szerez a dologról, és arra akarja felhasználni az erőt, hogy gonosz uralma alá hajtsa az egész világot…