Öt év vizsgálat után az X-aktákat lezártnak tekinti a kormány. Mulder (David Duchovny) azonban ismét gyanút fog, Dallasban ugyanis egyre különösebb esetek történnek, egy szövetségi épület porig ég, négy tűzoltó és egy kisgyerek pedig odavész. Úgy tűnik, a kormány egy titkos program bizonyítékait akarja eltűntetni. Mikor Scullyt (Gillian Anderson) elrabolják, Mulder nyomozni kezd, s megdöbbentő felfedezésre jut: egy idegen civilizáció rejtőzik a mélyben, melynek szándékai ismeretlenek.